Согласно ч. 3 ст. 349.3 ТК РФ соглашения о расторжении трудовых договоров, заключаемые на основании ст. 78 ТК РФ с руководителями хозяйственных обществ, более пятидесяти процентов акций (долей) в уставном капитале которых находится в государственной или муниципальной собственности, не могут содержать условия о выплате работнику выходного пособия, компенсации и(или) о назначении работнику каких-либо иных выплат в любой форме.
В соответствии с ч. 4 ст. 349.3 ТК РФ при прекращении трудовых договоров с руководителями хозяйственных обществ, более пятидесяти процентов акций (долей) в уставном капитале которых находится в государственной или муниципальной собственности, по любым установленным ТК РФ, другими федеральными законами основаниям совокупный размер выплачиваемых этим работникам выходных пособий, компенсаций и иных выплат в любой форме, в том числе компенсаций, указанных в ч. 2 ст. 349.3 ТК РФ, и выходных пособий, предусмотренных трудовым договором или коллективным договором в соответствии с ч. 8 ст. 178 ТК РФ, не может превышать трехкратный средний месячный заработок этих работников.
На основании ч. 5 ст. 349.3 ТК РФ при определении указанного в ч. 4 ст. 349.3 ТК РФ совокупного размера выплат работнику не учитывается размер следующих выплат:
- причитающаяся работнику заработная плата;
- средний заработок, сохраняемый в случаях направления работника в служебную командировку, направления работника на профессиональное обучение или дополнительное профессиональное образование с отрывом от работы, в других случаях, в которых в соответствии с трудовым законодательством и иными актами, содержащими нормы трудового права, за работником сохраняется средний заработок;
- возмещение расходов, связанных со служебными командировками, и расходов при переезде на работу в другую местность;
- денежная компенсация за все неиспользованные отпуска (ст. 127 ТК РФ);
- средний месячный заработок за период трудоустройства и(или) единовременная компенсация, выплаченные в размере и порядке, которые установлены ст. 178 и 318 ТК РФ.
Как разъяснил Конституционный суд РФ в Определении от 22.12.2015 № 2773-О, ограничение размеров выходных пособий, компенсаций и иных выплат в связи с прекращением трудовых договоров, введенное ст. 349.3 ТК РФ, основано на специфике трудовой деятельности и должностных обязанностей перечисленных в ней категорий работников. В постановлении от 13.07.2023 № 40-П Конституционный суд РФ также отметил, что запрет на включение в соглашения о расторжении трудовых договоров условий о выплате выходного пособия, установленный в отношении отдельных категорий работников, обусловлен выполняемыми ими трудовыми функциями, а также их местом и ролью в управлении организацией.
Таким образом, дополнительные выплаты, положенные директору ООО с муниципальным участием в связи с увольнением по соглашению сторон (ст. 78 ТК РФ), могут быть установлены трудовым договором или коллективным договором. Размер этих выплат не может превышать трехкратный средний месячный заработок директора ООО.
Учитывая изложенное, если в трудовом договоре с директором ООО установлена компенсация именно за увольнение по соглашению сторон, Вы можете ее выплатить.