В исковом заявлении Вам нужно в качестве ответчика указать организацию-правопреемника по выписке из ЕГРЮЛ. В тексте искового заявления следует сделать ссылку на п. 2 ст. 58 ГК РФ, согласно которому при присоединении юридического лица к другому юридическому лицу к последнему переходят права и обязанности присоединенного юридического лица. К исковому заявлению приложите актуальную выписку из ЕГРЮЛ по ответчику.

Для защиты своих интересов кредитору реорганизуемого юридического лица законом предоставлено дополнительное право требовать в судебном порядке в течение 30 дней после даты опубликования последнего уведомления о реорганизации юридического лица досрочного исполнения соответствующего обязательства должником. В случае если по объективным обстоятельствам или исходя из условий или существа обязательства его досрочное исполнение невозможно, указанное требование может быть заменено на требование о прекращении обязательства и возмещении связанных с этим убытков (п. 2 ст. 60 ГК РФ).

Данная норма не ограничивает Вашего права потребовать взыскания задолженности по договору и штрафных санкций за это с правопреемника реорганизованного юридического лица в пределах общего срока исковой давности (ст. 196 ГК РФ). Как неоднократно указывалось в судебной практике, правопреемство в порядке п. 2 ст. 58 ГК РФ относится к числу универсальных и охватывает не только обязательства, но и иные имущественные и неимущественные права реорганизуемого юридического лица. Переходят также и те права и обязанности, которые не признаются или оспариваются сторонами, и те, которые на момент реорганизации не выявлены, то есть независимо от их указания в передаточном акте (постановление Арбитражного суда Поволжского округа от 29.05.2017 по делу № А06-4453/2016, постановление ФАС Поволжского округа от 31.05.2012 по делу № А55-14568/2011).

В действующем законодательстве РФ не закреплен какой-либо «срок действия» претензии. Таким образом, если в Вашей претензии, отправленной 17.05.2017 (получена правопреемником контрагента 26.05.2017), содержались требования об уплате задолженности, пени (штрафа) за просрочку по договору, а также предупреждение об обращении в суд в случае неуплаты, то направлять еще одну аналогичную (по сути) претензию нет необходимости.