Да, указанные дни относятся к ежегодному дополнительному оплачиваемому отпуску (ст. 24 Закона Республики Крым от 16.09.2014 № 76-ЗРК «О муниципальной службе в Республике Крым»).
Единой практики их учета нет. Закон не требует издавать распоряжение о том, что служащему стал доступен еще один день отпуска. Поэтому достаточно того, что этот вопрос держит на контроле кадровик. В распоряжении о предоставлении отпуска можно прописывать как «ежегодный оплачиваемый отпуск» в целом (без конкретизации дней по основному и дополнительному отпуску), так и перечислить, какие именно дни в счет какого вида отпуска предоставляются.