В соответствии с п. 3 ст. 346.11 НК РФ организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются плательщиками НДС, за исключением налога, подлежащего уплате в соответствии с НК РФ при ввозе товаров на таможенную территорию РФ, а также НДС, уплачиваемого в соответствии со ст. 174.1 НК РФ.

Вместе с тем согласно п. 5 ст. 346.11 НК РФ организации и индивидуальные предприниматели, применяющие УСН, не освобождаются от исполнения обязанностей налоговых агентов, предусмотренных НК РФ. Согласно п. 1 ст. 24 НК РФ налоговыми агентами признаются лица, на которых в соответствии с НК РФ возложены обязанности по исчислению, удержанию у налогоплательщика и перечислению налогов в бюджетную систему РФ.

Согласно подп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ объектом обложения по НДС признается реализация товаров (работ, услуг) на территории РФ. Таким образом, операции по реализации услуг по предоставлению в аренду имущества признаются объектом обложения по НДС.

Пунктом 3 ст. 161 НК РФ установлено, что при предоставлении на территории РФ органами государственной власти и управления и органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов РФ и муниципального имущества налоговая база определяется как сумма арендной платы с учетом НДС. В этом случае налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества. Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.

Таким образом, в рассматриваемой ситуации Организация, применяющая УСН, признается налоговым агентом по НДС.

По общему правилу, если цена договора включает сумму НДС, то последняя определяется расчетным методом по ставке 20/120 (пп. 3, 4 ст. 164 НК РФ). В анализируемой ситуации арендная плата не включает НДС, поэтому Организация обоснованно доначислила НДС сверх цены договора, применив ставку в размере 20%.

Момент определения налоговой базы по НДС установлен в ст. 167 НК РФ. Однако в данной статье не указано, в какой момент определяется налоговая база налоговыми агентами - арендаторами государственного (муниципального) имущества.

По нашему мнению, налоговая база по НДС возникает на момент оплаты арендных платежей. Аналогичная позиция приведена в письме ФНС России от 12.08.2009 № ШС-22-3/634. В данном письме специалисты налоговой службы отмечают, что «исчисление суммы налога производится налоговым агентом, указанным в пунктах 2 и 3 статьи 161 Кодекса, при оплате товаров (работ, услуг), то есть либо в момент их предварительной оплаты (в полном объеме или при частичной оплате), либо в момент оплаты принятых на учет товаров (работ, услуг)».

НДС уплачивается в бюджет равными долями не позднее 25-го числа каждого из трех месяцев, следующих за истекшим налоговым периодом (кварталом) (п. 1 ст. 174, ст. 163 НК РФ).

Налоговые агенты - организации и ИП, арендующие у органов государственной власти и управления, органов местного самоуправления федеральное имущество, имущество субъектов РФ и муниципальное имущество, а также приобретающие казенное имущество, не закрепленное за государственными или муниципальными предприятиями и учреждениями, обязаны составлять счета-фактуры в порядке, установленном пп. 5 и 6 ст. 169 НК РФ (п. 3 ст. 168 НК РФ).

Форма и порядок оформления счетов-фактур, в том числе налоговыми агентами, установлены постановлением Правительства РФ от 26.12.2011 № 1137 (далее - Постановление № 1137).

Счет-фактура, составленный налоговым агентом, подлежит регистрации в книге продаж (п. 15 Правил ведения книги продаж). В общем случае в целях определения суммы НДС, предъявляемой к вычету в порядке, установленном п. 3 ст. 171 НК РФ, счет-фактура, ранее зарегистрированный в книге продаж, фиксируется налоговым агентом в книге покупок (п. 23 Правил ведения книги покупок).

Согласно п. 3 Порядка заполнения налоговой декларации по налогу на добавленную стоимость (далее - Декларация по НДС) все налогоплательщики и все налоговые агенты, если иное не предусмотрено данной нормой, должны представлять в составе налоговой Декларации по НДС Титульный лист и Раздел 1 Декларации по НДС (форма Декларации по НДС, порядок её заполнения (далее - Порядок заполнения Декларации), а также формат ее представления в электронной форме утверждены приказом ФНС России от 29.10.2014 № ММВ-7-3/558@). При исполнении обязанности налогового агента организациями и индивидуальными предпринимателями, не являющимися налогоплательщиками налога в связи с переходом на УСН, в соответствии с главой 26.2 НК РФ, заполняются титульный лист и раздел 2 Декларации по НДС.

При этом, как следует из п. 4 Порядка заполнения Декларации, декларация составляется на основании книг продаж, книг покупок и данных регистров бухгалтерского учета налогоплательщика (налогового агента), а в случаях, установленных НК РФ, на основании данных регистров налогового учета налогоплательщика (налогового агента).

В силу требований п. 3 ст. 168 НК РФ при исчислении суммы НДС в соответствии с пп. 1-3 ст. 161 НК РФ налоговыми агентами, указанными в пп. 2 и 3 ст. 161 НК РФ, составляются счета-фактуры в порядке, установленном пп. 5 и 6 ст. 169 НК РФ. Каких-либо исключений из данного правила нормы главы 21 НК РФ не устанавливают. На основании п. 3 и п. 15 раздела II Приложения № 5 к Постановлению № 1137 счет-фактура, составленный налоговым агентом, указанным в п. 3 ст. 161 НК РФ, подлежит регистрации в книге продаж.

В рассматриваемом случае Организация, являющаяся налоговым агентом в связи с арендой муниципального имущества, обязана составлять счета-фактуры и вести книгу продаж. Такой счет-фактура составляется не позднее 5 календарных дней с момента перечисления арендных платежей в бюджет (п. 3 ст. 168 НК РФ).

Сумму НДС, уплаченную в бюджет в качестве налогового агента, МП не может принять к вычету, поскольку оно не является плательщиком НДС (п. 2 ст. 346.11, абзац третий п. 3 ст. 171 НК РФ). В связи с этим счет-фактура, ранее зарегистрированный в книге продаж, в книге покупок не регистрируется.

Как упоминалось выше, на основании книги продаж представляется Декларация по НДС за налоговый период, и в установленные сроки следующего налогового периода НДС перечисляется в бюджет.

Согласно подп. 3 п. 2 ст. 170 НК РФ в случае приобретения товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов, лицами, не являющимися налогоплательщиками, суммы НДС, предъявленные покупателю, учитываются в стоимости таких товаров (работ, услуг), в том числе основных средств и нематериальных активов. Если расходы по арендной плате соответствуют критериям п. 2 ст. 346.16 НК РФ (подлежат включению в состав расходов по УСН), НДС с арендной платы также будет учитываться Организацией в составе расходов на основании подп. 8 п. 1 ст. 346.16 НК РФ. При этом, в соответствии с подп. 3 п. 2 ст. 346.17 НК РФ, при применении кассового метода определения доходов и расходов расходы в виде суммы НДС, удержанного налоговым агентом, подлежат учету в составе расходов в том отчетном периоде, в котором будет перечислен налог в бюджет. Платежное поручение, имеющее необходимые реквизиты первичного учетного документа, будет являться документальным подтверждением осуществления вышеуказанных расходов.

Таким образом, НДС, перечисленный Организацией в бюджет в качестве налогового агента, включается в состав расходов для целей применения УСН.

С учетом Плана счетов и Инструкции по его применению, утвержденных приказом Минфина России от 02.12.2000 № 94н, в бухгалтерском учете Организации могут быть сделаны следующие проводки:

Дебет 20 (44), Кредит 76 - признаны расходы по аренде (без учета НДС);

Дебет 20 (44), Кредит 68, субсчет «НДС» - удержана сумма НДС;

Дебет 76, Кредит 51 - перечислена арендная плата (без НДС);

Дебет 68, субсчет «НДС», Кредит 51 - перечислена в бюджет сумма НДС.