В соответствии со ст. 39.16 ЗК РФ уполномоченный орган принимает решение об отказе в предоставлении земельного участка, находящегося в государственной или муниципальной собственности, без проведения торгов при наличии хотя бы одного из следующих оснований:

- на указанном в заявлении о предоставлении земельного участка земельном участке расположены здание, сооружение, объект незавершенного строительства, принадлежащие гражданам или юридическим лицам, за исключением случаев, если на земельном участке расположены сооружения (в том числе сооружения, строительство которых не завершено), размещение которых допускается на основании сервитута, публичного сервитута, или объекты, размещенные в соответствии со ст. 39.36 ЗК РФ, либо с заявлением о предоставлении земельного участка обратился собственник этих здания, сооружения, помещений в них, этого объекта незавершенного строительства, а также случаев, если подано заявление о предоставлении земельного участка и в отношении расположенных на нем здания, сооружения, объекта незавершенного строительства принято решение о сносе самовольной постройки либо решение о сносе самовольной постройки или ее приведении в соответствие с установленными требованиями и в сроки, установленные указанными решениями, не выполнены обязанности, предусмотренные ч. 11 ст. 55.32 Градостроительного кодекса Российской Федерации;

- на указанном в заявлении о предоставлении земельного участка земельном участке расположены здание, сооружение, объект незавершенного строительства, находящиеся в государственной или муниципальной собственности, за исключением случаев, если на земельном участке расположены сооружения (в том числе сооружения, строительство которых не завершено), размещение которых допускается на основании сервитута, публичного сервитута, или объекты, размещенные в соответствии со ст. 39.36 ЗК РФ, либо с заявлением о предоставлении земельного участка обратился правообладатель этих здания, сооружения, помещений в них, этого объекта незавершенного строительства.

Вам необходимо выяснить, кому принадлежит здание, расположенное на испрашиваемом земельном участке, путем направления запроса в Госкомрегистр. Если здание не находится в оперативном управлении учреждения, то необходимо отказать в предоставлении земельного участка.