Последствия нарушения целевого использования бюджетных средств в государственных организациях и подведомственных им казенных учреждениях могут быть ощутимыми и негативными. Ответственность за подобные нарушения предусмотрена ст. 15.14 КоАП РФ, санкция которой предусматривает наказание:

- в отношении должностных лиц – административный штраф в размере от 20 000 до 50 000 руб. или дисквалификацию на срок от одного года до трех лет;

- на юридических лиц – от 5 до 25 процентов суммы средств, полученных из бюджета бюджетной системы Российской Федерации, использованных не по целевому назначению.

Госорганы и органы местного самоуправления получают средства из бюджета, которые предназначены для финансового обеспечения задач государства и местного самоуправления в интересах населения. Поэтому привлечение их к административной ответственности за нецелевое использование бюджетных средств именно как юридическое лицо создает дополнительную «массивную» нагрузку для бюджета.

Следует отметить, что в отношении бюджетных нарушений, включая нецелевое использование бюджетных средств, административная ответственность может быть применена только к должностным лицам, участвующим в бюджетном процессе, в соответствии с положениями БК РФ. Однако при наличии самостоятельного права на распоряжение средствами, полученными от коммерческой деятельности, бюджетные и автономные учреждения не лишаются публичной собственности на эти средства.

При решении вопроса о привлечении бюджетных и автономных учреждений к административной ответственности за нецелевое использование средств важно учитывать преобладание публично значимых функций этих учреждений. При рассмотрении ряда дел (решения АС Республики Саха от 19 февраля 2024 г. по делу № А58-10992/2023 и АС Краснодарского края от 09 февраля 2024 г. по делу № А32-29966/2022) суды пришли к выводу, что основной задачей контрольной деятельности должно быть предотвращение и устранение нарушений обязательных требований, а не само привлечение контролируемых лиц к ответственности. Ввиду того, что в деятельности бюджетных и автономных учреждений преобладают публично значимые функции, решение о привлечении их к административной ответственности за нецелевое использование средств субсидий в качестве юридических лиц не в полной мере соответствует публичным интересам.