Согласно пп. «в» п. 4, пп. «и» п. 5 Положения о лицензировании для осуществления фармацевтической деятельности в сфере обращения лекарственных средств для медицинского применения (утв. постановлением Правительства РФ от 22.12.2011 № 1081 «О лицензировании фармацевтической деятельности») необходимо наличие у руководителя организации (за исключением медицинских организаций), деятельность которого непосредственно связана с оптовой торговлей лекарственными средствами, их хранением, перевозкой и(или) розничной торговлей лекарственными препаратами, их отпуском, хранением, перевозкой и изготовлением, высшего фармацевтического образования и стажа работы по специальности не менее 3 лет либо среднего фармацевтического образования и стажа работы по специальности не менее 5 лет, сертификата специалиста.

Должность заведующего аптечной организацией (заведующего структурным подразделением аптечной организации) в соответствии с Единым квалификационным справочником должностей руководителей, специалистов и служащих, раздел «Квалификационные характеристики должностей работников в сфере здравоохранения», утвержденным приказом Минздравсоцразвития России от 23.07.2010 № 541н, относится к должностям руководителей.

Следовательно, наличие заведующей аптекой, которая соответствует всем необходимым требованиям, нужно для прохождения лицензирования. Дальнейшее функционирование аптеки возможно и без заведующей.