При продаже на территории РФ физическому лицу транспортного средства, которое использовалось в предпринимательской деятельности, у ИП возникает объект налогообложения НДС (п. 3 ст. 38, п. 1 ст. 39, пп. 1 п. 1 ст. 146, п. 1 ст. 147 НК РФ, письма Минфина России от 29.10.2018 № 03-07-14/77560, от 28.10.2016 № 03-07-14/63214, от 23.05.2014 № 03-04-05/24808). При этом не имеет значения ни цена договора, ни срок нахождения проданного транспортного средства в собственности ИП. Срок владения может повлиять только на НДФЛ.

Таким образом, ИП в данном случае в периоде передачи автомобиля покупателю должен будет определить налоговую базу исходя из рыночной стоимости данного транспортного средства без НДС и исчислить НДС с применением налоговой ставки 20 % (п. 1 ст. 154, п. 3 ст. 164, пп. 1 п. 1, п. 3 ст. 167 НК РФ, п. 1 ст. 223 ГК РФ). Если автомобиль был продан физическому лицу, не являющемуся взаимозависимым по отношению к ИП, то для целей налогообложения фактическая цена продажи признается рыночной (ст. 105.1, п. 1 ст. 105.3 НК РФ).

Соответственно, данные о совершенной ИП операции по продаже автомобиля должны быть отражены в разделе 3 налоговой декларации по НДС за налоговый период, в котором автомобиль был передан покупателю (ст. 80, п. 5 ст. 174 НК РФ, см. также Порядок заполнения налоговой декларации по НДС, утвержденный приказом ФНС России от 29.10.2014 № ММВ-7-3/558@).

НДФЛ с продажи автомобиля уплачивать не нужно, если он находился в собственности ИП более минимального срока владения (более трех лет) (см. также письмо ФНС России от 17.01.2019 № БС-3-11/222@).