Согласно ч. 3 ст. 98 Федерального закона от 02.10.2007 № 229-ФЗ «Об исполнительном производстве» лица, выплачивающие должнику заработную плату или иные периодические платежи, со дня получения исполнительного документа от взыскателя или копии исполнительного документа от судебного пристава-исполнителя обязаны удерживать денежные средства из заработной платы и иных доходов должника в соответствии с требованиями, содержащимися в исполнительном документе. Лица, выплачивающие должнику заработную плату или иные периодические платежи, в трехдневный срок со дня выплаты обязаны выплачивать или переводить удержанные денежные средства взыскателю. Перевод и перечисление денежных средств производятся за счет должника. Лица, выплачивающие должнику заработную плату и(или) иные доходы путем их перечисления на счет должника в банке или иной кредитной организации, обязаны указывать в расчетном документе сумму, взысканную по исполнительному документу.

Таким образом, алименты необходимо удерживать как в случае осуществления выплат по трудовому договору, так и в случае осуществления выплат по гражданскому-правовому договору, если такие выплаты имеют периодический (не разовый) характер.