В рассматриваемой ситуации передача земельного участка невозможна, пока не решится судьба находящегося на нем здания. Если неизвестно, кто собственник этого здания, то оно может принадлежать кому угодно. В ст. 39.16 ЗК РФ указаны основания для отказа в предоставлении земельного участка. В том числе п.п. 4 и 5:

4) на указанном в заявлении о предоставлении земельного участка земельном участке расположены здание, сооружение, объект незавершенного строительства, принадлежащие гражданам или юридическим лицам, за исключением случаев, если сооружение (в том числе сооружение, строительство которого не завершено) размещается на земельном участке на условиях сервитута или на земельном участке размещен объект, предусмотренный п. 3 ст. 39.36 ЗК РФ, и это не препятствует использованию земельного участка в соответствии с его разрешенным использованием либо с заявлением о предоставлении земельного участка обратился собственник этих здания, сооружения, помещений в них, этого объекта незавершенного строительства;

5) на указанном в заявлении о предоставлении земельного участка земельном участке расположены здание, сооружение, объект незавершенного строительства, находящиеся в государственной или муниципальной собственности, за исключением случаев, если сооружение (в том числе сооружение, строительство которого не завершено) размещается на земельном участке на условиях сервитута или с заявлением о предоставлении земельного участка обратился правообладатель этих здания, сооружения, помещений в них, этого объекта незавершенного строительства.

Учитывая, что на земельном участке стоит здание, собственник которого неизвестен, необходимо провести процедуру признания его бесхозяйным и обратить в муниципальную собственность. Позже возможна передача здания в собственность или безвозмездное пользование религиозной организации в соответствии с Федеральным законом от 30 ноября 2010 г. № 327-ФЗ «О передаче религиозным организациям имущества религиозного назначения, находящегося в государственной или муниципальной собственности». Как вариант, указанная религиозная организация может оформить здание в собственность на основании приобретательной давности (ст. 234 ГК РФ).