Если рассматриваемые жилые помещения отнесены к жилищному фонду социального использования, то их предоставление возможно в рамках договора социального найма и, в особых случаях, по договору найма жилищного фонда социального использования (но этот вариант в данном случае точно не подходит), что предусмотрено п. 1 ч. 3 ст. 19 ЖК РФ.
В теории возможен перевод жилых помещений жилищного фонда социального использования в жилищный фонд коммерческого использования. Но в таком случае заключение договора найма либо аренды, в силу ч. 1 ст. 17.1 Федерального закона от 26 июля 2006 г. № 135-ФЗ «О защите конкуренции», будет возможно только по результатам проведения торгов.
В таком случае нет никаких гарантий, что в результате проведения торгов удастся заключить договор с конкретным гражданином или организацией.
В связи с вышеизложенным рекомендуем сообщить представителям религиозной организации, что предоставление жилого помещения из муниципального жилищного фонда в рассматриваемом случае невозможно.