Согласно п. 1 ст. 231 НК РФ излишне удержанная налоговым агентом из дохода налогоплательщика сумма НДФЛ подлежит возврату налоговым агентом на основании письменного заявления налогоплательщика, если иное не предусмотрено гл. 23 НК РФ. Налоговый агент вправе самостоятельно определить способы представления своими работниками заявления на возврат излишне удержанного НДФЛ, в том числе в электронном виде (см. письма ФНС России от 09.09.2021 № БС-4-11/12811@, Минфина России от 08.07.2019 № 03-04-06/51172).
Возврат налогоплательщику излишне удержанной суммы НДФЛ производится налоговым агентом за счет сумм этого налога, подлежащих перечислению в бюджетную систему РФ в счет предстоящих платежей как по указанному налогоплательщику, так и по иным физлицам, с доходов которых налоговый агент производит удержание этого налога, в течение трех месяцев со дня получения агентом заявления налогоплательщика (абзац третий п. 1 ст. 231 НК РФ). Возврат производится в безналичной форме путем перечисления денежных средств на счет физлица в банк, указанный в заявлении (абзац четвертый п. 1 ст. 231 НК РФ). При этом прекращение трудовых отношений между налогоплательщиком и организацией – источником выплаты доходов, с которых налог излишне удержан, не влияет на порядок применения норм ст. 231 НК РФ (см. письмо Минфина России от 29.12.2012 № 03-04-05/6-1460). Возможность возврата сумм излишне удержанного НДФЛ путем перечисления денежных средств на банковский счет иного лица, в том числе близкого родственника, ст. 231 НК РФ не предусмотрена (письмо ФНС России от 08.12.2023 № БС-3-11/16117).
В абзаце шестом п. 1 ст. 231 НК РФ установлено: если суммы налога, подлежащей перечислению налоговым агентом в бюджетную систему РФ, недостаточно для осуществления возврата излишне удержанной и перечисленной суммы НДФЛ налогоплательщику в трехмесячный срок, налоговый агент в течение 10 дней со дня подачи ему заявления налогоплательщиком направляет в налоговый орган по месту своего учета заявление на возврат налоговому агенту излишне удержанной им суммы налога.
Вместе с заявлением налоговый агент представляет в налоговый орган выписку из регистра налогового учета за соответствующий налоговый период и документы, подтверждающие излишнее удержание и перечисление суммы НДФЛ в бюджет (абзац восьмой п. 1 ст. 231 НК РФ). При этом организации следует подать в налоговый орган новые справки по форме 2-НДФЛ (приложение 1 к Расчету сумм налога на доходы физических лиц, исчисленных и удержанных налоговым агентом) в отношении тех работников, с доходов которых был излишне удержан и перечислен в бюджет налог (см. письмо ФНС России от 13.08.2014 № ПА-4-11/15988).
До возврата из бюджетной системы РФ излишне удержанной и перечисленной суммы налога налоговый агент вправе осуществить возврат такой суммы налога за счет собственных средств (абзац девятый п. 1 ст. 231 НК РФ).
При отсутствии налогового агента налогоплательщик вправе подать заявление в налоговый орган о возврате излишне удержанной с него и перечисленной в бюджетную систему РФ ранее налоговым агентом суммы налога одновременно с представлением налоговой декларации по окончании налогового периода (абзац 10 п. 1 ст. 231 НК РФ).
С 01 января 2023 года сумма излишне уплаченного НДФЛ подлежит возврату при наличии положительного сальдо единого налогового счета налогоплательщика. В соответствии с п. 1 ст. 79 НК РФ налогоплательщик вправе распорядиться суммой денежных средств, формирующих положительное сальдо ЕНС, путем возврата этой суммы на открытый ему счет в банке, представив в налоговый орган по месту учета соответствующее заявление о распоряжении путем возврата. Заявление может быть представлено по установленной форме на бумажном носителе или по установленному формату в электронной форме с усиленной квалифицированной электронной подписью по ТКС или через ЛКН. Форма заявления утверждена приказом ФНС России от 30.11.2022 № ЕД-7-8/1133@.
Таким образом, если суммы предстоящих платежей по НДФЛ в бюджет РФ будет достаточно для возврата налога уволенному сотруднику, то возврат осуществляется налоговым агентом самостоятельно без обращения с заявлением в налоговые органы. Если такой суммы недостаточно, то за возвратом излишне удержанного налога необходимо обратиться в налоговые органы. Но в любом случае возврат излишне уплаченного НДФЛ уволенному сотруднику при наличии от него заявления производится непосредственно налоговым агентом.