Запрещено работать в прямом подчинении с родственниками только государственным и муниципальным служащим. Если Ваша организация не относится ни к государственным, ни к муниципальным учреждениям, то соответственно данные запреты на нее не распространяются.

Правовое обоснование:

В соответствии со ст. 16 Федерального закона от 27.07.2004 № 79-ФЗ «О государственной гражданской службе Российской Федерации» Гражданин не может быть принят на гражданскую службу, а гражданский служащий не может находится на гражданской службе в случае:

5) близкого родства или свойства (родители, супруги, дети, братья, сестры, а также братья, сестры, родители, дети супругов и супруги детей) с гражданским служащим, если замещение должности гражданской службы связано с непосредственной подчиненностью или подконтрольностью одного из них другому;

Информационный портал Роструда «Онлайнинспекция.РФ», июнь 2016 г.