В соответствии с п. 2 ст. 261 ГК РФ, если иное не установлено законом, право собственности на земельный участок распространяется на находящиеся в границах этого участка поверхностный (почвенный) слой и водные объекты, находящиеся на нем растения.

Следовательно, деревья являются собственностью собственника земельного участка – Республики Крым. Деревья должны быть возвращены Минимуществу вместе с земельным участком.