БК РФ не содержит положений, предусматривающих осуществление внутреннего муниципального финансового контроля исключительно отдельным органом муниципального образования. Поэтому данный контроль может осуществляться как отдельным органом, так и структурным подразделением финансового органа муниципального образования, на который возложены соответствующие полномочия (см. письма Минфина России от 15.10.2020 № 02-09-07/90306, от 25.02.2020 № 02-09-07/13204).

При этом к финансовым органам муниципальных образований отнесены органы (должностные лица) местных администраций муниципальных образований, осуществляющие составление и организацию исполнения местных бюджетов (ст. 6 БК РФ).

По мнению Минфина России, организация осуществления внутреннего муниципального финансового контроля должна осуществляться с учетом:

- структуры местного бюджета, в т. ч. особенностей исполнения местного бюджета, а также возможности осуществления внутреннего муниципального финансового контроля в отношении объектов муниципального финконтроля;

- достижения целей осуществления контроля через осуществление должностными лицами полномочий, предусмотренных ст. 269.2 БК РФ;

- соблюдения принципов и подходов, установленных федеральными стандартами внутреннего государственного (муниципального) финансового контроля.

В соответствии с п. 5 Стандарта, утв. постановлением Правительства РФ от 06.02.2020 № 95, принцип независимости означает, что уполномоченные должностные лица при выполнении возложенных на них задач должны быть независимы от объектов контроля и связанных с ними физических лиц в административном, финансовом и функциональном отношении (см. письмо Минфина России от 03.12.2020 № 02-09-07/106844).

Поскольку внутри администрации сложно обеспечить независимость структурного подразделения или должностного лица, полномочия по внутреннему финансовому контролю чаще всего передают финансовому органу муниципального района.