Как разъясняет Минобрнауки России, на основании Правил русской орфографии и пунктуации написание букв «е» и «ё» приравнивается. Написание буквы «е» вместо «ё» и наоборот в фамилии, имени и отчестве не искажает данных владельца документов, при условии, что данные, на основании которых можно идентифицировать лицо в таких документах, соответствуют (см. письмо от 01.10.2012 № ИР-829/08 «О правописании букв «е» и «ё» в официальных документах»).
На наш взгляд, указание в свидетельстве о присвоении ИНН буквы «е» вместо «ё» не искажает данных гражданина, поскольку другие сведения из свидетельства совпадают с паспортными данными. Вместе с тем при приеме работника заполнять на него кадровые документы нужно на основании паспорта, с буквой «ё», поскольку именно паспорт удостоверяет личность работника.