Согласно п. 3 ст. 161 НК РФ при предоставлении на территории РФ органами государственной власти и управления, органами местного самоуправления в аренду федерального имущества, имущества субъектов РФ и муниципального имущества налоговая база определяется налоговыми агентами как сумма арендной платы с учетом НДС. Налоговыми агентами признаются арендаторы указанного имущества (за исключением физических лиц, не являющихся ИП). Они обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога.

Налоговый агент определяет налоговую базу отдельно по каждому арендованному объекту имущества.

По общему правилу сумма арендной платы, указанная в договоре с органом государственной власти или местного самоуправления, должна включать сумму НДС (см. письма УМНС РФ по г. Москве от 18.01.2005 № 19-11/3153, от 08.08.2003 № 21-09/43618). В п. 4 ст. 173 НК РФ установлено, что при реализации указанных в ст. 161 НК РФ товаров (работ, услуг) сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, исчисляется и уплачивается в полном объеме налоговыми агентами, указанными в ст. 161 НК РФ. Поэтому если сумма арендной платы в договоре установлена без НДС, то арендатор обязан исчислить НДС сверх арендных платежей и уплатить налог в бюджет за счет собственных средств (см. постановления Президиума ВАС РФ от 13.01.2011 № 10067/10, ФАС Уральского округа от 25.02.2010 № Ф09-832/10-С2, от 11.05.2010 № Ф09-3355/10-С2, ФАС Западно-Сибирского округа от 08.11.2005 № Ф04-7155/2005(15712-А75-11), от 02.06.2009 № А52-4627/2008, ФАС Центрального округа от 25.12.2009 № Ф10-5673/09 и др.).

Аналогичной позиции придерживается Верховный суд России: «Налоговый агент обязан определить сумму НДС сверх выкупной цены (арендной платы), если из отчета оценщика следует, что стоимость имущества определена без НДС» (Определение Верховного суда РФ от 31.08.2017 № 303-ЭС17-13159).

Арендатор может быть освобожден от обязанности по уплате НДС в соответствии с положениями налогового законодательства (например, в связи с применением УСН или в порядке, предусмотренном ст. 145 НК РФ). Все приведенные выше обстоятельства не освобождают арендатора от обязанности по исчислению, удержанию и перечислению суммы НДС.

Обращаем Ваше внимание на следующее. Возможность исполнить функцию налогового агента у арендатора появляется только по факту перечисления денежных средств. Данный вывод следует из п. 3 ст. 161 НК РФ, в котором, повторим, дословно сказано: «Указанные лица обязаны исчислить, удержать из доходов, уплачиваемых арендодателю, и уплатить в бюджет соответствующую сумму налога».

Исчислять НДС необходимо расчетным методом по ставке 20/120 в соответствии с п. 4 ст. 164 НК РФ.

Удержанную сумму НДС налоговый агент обязан в полном объеме перечислить в бюджет по месту своего нахождения (п. 4 ст. 173 НК РФ). В силу п. 1 ст. 174 НК РФ уплачивать НДС за истекший налоговый период следует равными долями не позднее 20-го числа каждого из трех месяцев, следующих за истекшим налоговым периодом.

Напомним также, что согласно п. 5 ст. 174 НК РФ налоговые агенты обязаны представлять в налоговые органы по месту своего учета декларацию по НДС в срок не позднее 20-го числа месяца, следующего за истекшим налоговым периодом.

Вследствие того, что организации, применяющие УСН, плательщиками НДС не являются, порядок принятия к вычету сумм НДС, уплаченных поставщикам товаров (работ, услуг), а также перечисленных в бюджет в качестве налогового агента, установленный ст.ст. 171, 172 НК РФ, на них не распространяется (п. 3 ст. 171 НК РФ).

Если организация применяет УСН с объектом налогообложения «доходы, уменьшенные на величину расходов», то в соответствии с пп. 8 п. 1 ст. 346.16 НК РФ она вправе учесть в составе расходов сумму перечисленного в бюджет НДС, в том числе и на суммы НДС, с арендной платы (письма УФНС по г. Москве от 17.06.2005 № 18-11/3/42465, от 08.08.2003 № 21-09/43618).

При этом согласно п. 2 ст. 346.17 НК РФ указанные расходы могут быть признаны только после их фактической уплаты, то есть только после того, как НДС будет перечислен в бюджет.