Сроки хранения документов устанавливаются федеральными законами, иными нормативными правовыми актами РФ, в частности ч. 1 ст. 17 Федерального закона от 22.10.2004 № 125-ФЗ «Об архивном деле в Российской Федерации»:

- Налоговым кодексом РФ;

- Федеральным законом от 06.12.2011 № 402-ФЗ «О бухгалтерском учете»;

- Перечнем типовых управленческих архивных документов, образующихся в процессе деятельности государственных органов, органов местного самоуправления и организаций, с указанием сроков хранения, утвержденным приказом Росархива от 20.12.2019 № 236;

- Перечнем типовых архивных документов, образующихся в научно-технической и производственной деятельности организаций, с указанием сроков хранения, утвержденным приказом Федерального архивного агентства от 28.12.2021 № 142.

Учитывая, что у каждого документа существуют определенные функции, каждая из которых подпадает под свои правила, сроки хранения по ним могут отличаться.

Первичные учетные документы, регистры бухгалтерского учета, бухгалтерская (финансовая) отчетность, аудиторские заключения о ней подлежат хранению экономическим субъектом в течение сроков, устанавливаемых в соответствии с правилами организации государственного архивного дела, но не менее пяти лет после отчетного года (п. 1 ст. 29 Закона № 402-ФЗ, письмо Минфина России от 19.07.2017 № 03-07-11/45829). При определении конкретных сроков хранения отдельных бухгалтерских документов следует руководствоваться Перечнем № 236.

Сроки хранения электронных документов (регистров) устанавливаются в том же порядке, что и для документации, формируемой на бумажных носителях. При этом экономические субъекты должны хранить документы учетной политики, стандарты экономического субъекта, другие документы, связанные с организацией и ведением бухгалтерского учета, в том числе средства, обеспечивающие воспроизведение электронных документов, а также проверку подлинности электронной подписи, не менее пяти лет после года, в котором они использовались для составления бухгалтерской (финансовой) отчетности в последний раз (ч. 2 ст. 29 Закона № 402-ФЗ).

Согласно пп. 8 п. 1 ст. 23 НК РФ установлен пятилетний срок хранения данных бухгалтерского и налогового учета и других документов, необходимых для исчисления и уплаты налогов, в том числе документов, подтверждающих получение доходов, осуществление расходов (для организаций и ИП), а также уплату (удержание) налогов, если иное не предусмотрено НК РФ (см. также письма Минфина России от 18.04.2018 № 07-01-09/25966, от 23.03.2016 № 03-02-08/16273).

При этом пять лет – это общий срок хранения документов. В отношении отдельных документов (к примеру, документов, подтверждающих объем понесенного убытка (см. п. 4 ст. 283 НК РФ), или документов отдельных категорий налогоплательщиков) могут быть установлены специальные сроки хранения.

Отсчет срока хранения начинает исчисляться не с момента оформления документа (или, к примеру, его поступления в организацию), а с момента окончания налогового периода, в котором он был использован при исчислении налога. К примеру, документы, подтверждающие расходы, необходимо хранить все время, в течение которого эти расходы подлежат списанию, плюс еще пять лет, предусмотренные НК РФ.

Таким образом, сроки хранения счетов-фактур, установленные НК РФ, приведены в соответствие со сроками, установленными ст. 317 Перечня типовых управленческих архивных документов..., утв. приказом Росархива от 20.12.2019 № 23. В пункте 11 Правил заполнения счета-фактуры для иных документов, применяемых при расчетах по НДС (копий счетов-фактур, полученных от посредников, таможенных деклараций, БСО с выделенной суммой НДС и др.), по-прежнему установлен четырехлетний срок хранения. Однако в связи с требованием пп. 8 п. 1 ст. 23 НК РФ считаем, что теперь их также следует хранить 5 лет.

Товарная накладная признается первичным документом и служит как для целей налогообложения, так и для целей бухгалтерского учета. Соответственно, к ней также применяется срок хранения 5 лет.

Если на момент начала выездной налоговой проверки, с решением о проведении которой налогоплательщик ознакомлен в установленном НК РФ порядке, срок хранения первичных документов не истек, налогоплательщик обязан обеспечить сохранность этих документов, а также счетов-фактур на весь период проверки. В случае отсутствия этих документов налоговые органы вправе при проведении проверки определять суммы налогов расчетным методом на основании пп. 7 п. 1 ст. 31 НК РФ (постановления Президиума ВАС РФ от 22.06.2010 № 5/10, ФАС Восточно-Сибирского округа от 04.07.2012 № Ф02-2386/12). С истечением сроков хранения документов запрашивать их у проверяемого лица налоговые органы не вправе.