Согласно п.п. 1 и 2 ст. 209 ГК РФ собственнику принадлежат права владения, пользования и распоряжения своим имуществом.

Собственник вправе по своему усмотрению совершать в отношении принадлежащего ему имущества любые действия, не противоречащие закону и иным правовым актам и не нарушающие права и охраняемые законом интересы других лиц, в том числе отчуждать свое имущество в собственность другим лицам, передавать им, оставаясь собственником, права владения, пользования и распоряжения имуществом, отдавать имущество в залог и обременять его другими способами, распоряжаться им иным образом.

В соответствии с п.п. 2 и 3 ст. 261 ГК РФ, если иное не установлено законом, право собственности на земельный участок распространяется на находящиеся в границах этого участка поверхностный (почвенный) слой и водные объекты, находящиеся на нем растения.

Собственник земельного участка вправе использовать по своему усмотрению все, что находится над и под поверхностью этого участка, если иное не предусмотрено законами о недрах, об использовании воздушного пространства, иными законами и не нарушает прав других лиц.

Таким образом, орган местного самоуправления согласовывает вырубку деревьев только в том случае, если такие деревья расположены на землях и земельных участках, находящихся в муниципальной собственности.