На данный момент нет стандартов для проведения внутреннего контроля в учреждениях, так как Закон № 402-ФЗ и стандарты «Концептуальные основы…» и «Учетная политика…» лишь устанавливают общие требования. Учреждения сами разрабатывают и утверждают свои процедуры внутреннего контроля.

В качестве методической поддержки Минфин в 2022 году выпустил Рекомендации по организации внутренних проверок. С 2024 года в рамках Программы разработки федеральных стандартов бухгалтерского учета будет введен новый федеральный стандарт «Внутренний контроль», который детально опишет процедуры для бюджетных организаций. Необходимо подготовить положение о внутреннем контроле до 31 декабря 2025 года, чтобы с 01 января 2026 года начать применять новые правила.

В течение двух лет учреждения не будут нести ответственность за нарушения, а финансовые контролирующие органы будут давать рекомендации. Учреждения смогут выбрать один из трех вариантов организации внутреннего контроля и должны будут вести соответствующую документацию.