До внесения изменений в Бюджетный кодекс РФ органы внутреннего государственного (муниципального) финансового контроля в представлениях и предписаниях, направляемых учреждениям по итогам проверки, включали только бюджетные нарушения с требованием об их устранении и о возмещении ущерба бюджету. При этом к бюджетным относятся указанные в Бюджетном кодексе РФ нарушения, совершенные участниками бюджетного процесса, в том числе казенными учреждениями. Таким образом, представление и предписание можно было направить только участнику бюджетного процесса, указав в документе только бюджетные нарушения. Другие выявленные нарушения могли быть указаны в акте проверки.

В случае, когда ревизоры включают в представления и предписания учреждениям любого типа требования по устранению иных выявленных нарушений: в сфере бухгалтерского учета, трудового, гражданского, налогового законодательства и т. д., суды указывают, что выдача предписаний такого содержания не относится к полномочиям органов внутреннего государственного (муниципального) финансового контроля.

Так, ревизоры требовали возместить в бюджет сумму ущерба, причиненного в результате расчета и выплаты стимулирующих выплат работникам учреждения с нарушением условий коллективного договора. Суды трех инстанций и Верховный суд признали такое предписание бюджетному учреждению незаконным и указали, что органы финансового контроля имеют право направлять предписания, касающиеся только нарушений бюджетного законодательства, влекущих незаконное использование бюджетных средств, нарушение же коллективного договора к бюджетному законодательству не относится (Определение ВС РФ от 18.01.2019 № 310-КГ18-23041).

В другом случае ревизоры требовали взыскать с работников, а в случае их отказа – с виновных лиц суммы стимулирующих выплат, необоснованно выплаченных ввиду ненадлежащего исполнения учреждением нормативных и локальных актов, регулирующих трудовые отношения и оплату труда. Суд указал, что предписание бюджетному учреждению является незаконным, поскольку вынесено при отсутствии предусмотренных БК РФ оснований, отражает нарушения, не относящиеся к бюджетным, применение мер по которым не входит в компетенцию органа финансового надзора (Определение ВС РФ от 21.12.2018 № 310-КГ18-20842).

Еще в одном случае ревизоры требовали принять меры по устранению нарушений, допущенных при оформлении личных карточек работников (ф. № Т-2), не допускать нарушений порядка заполнения унифицированных норм первичной документации по учету труда и его оплаты, вести личные дела работников учреждения в соответствии с законодательством. Суд указал, что личная карточка работника является первичной учетной документацией по учету кадров и к отчетности по оплате труда отношения не имеет. Исходя из этого, проверка правильности заполнения личных карточек работников автономного учреждения не относится к предмету внутреннего финансового контроля. Этот пункт представления принят контролирующим органом с превышением его полномочий и подлежит признанию недействительным (Определение ВС РФ от 31.10.2018 № 301-КГ18-17499).

В письме от 13 мая 2020 г. № 02-09-06/38976 Минфин напомнил, что с 01 апреля 2020 года в Бюджетный кодекс внесены поправки, согласно которым органы внутреннего государственного (муниципального) финансового контроля могут направлять представления и предписания всем объектам контроля, в том числе бюджетным и автономным учреждениям. Направленные бюджетным, автономным учреждениям после 01 апреля 2020 года представления и предписания в отношении нарушений, выявленных по результатам контрольных мероприятий, осуществленных до 01 апреля 2020 года, Минфин рассматривает как неправомерные. Также в представлениях и предписаниях теперь исключено упоминание о бюджетном нарушении, указываются только нарушения, выявленные органом финансового надзора в пределах его компетенции.

Также орган контроля может осуществить проверку целевого использования бюджетным / автономным учреждением средств субсидии. При этом к административной ответственности по ст. 15.14 КоАП РФ могут быть привлечены должностные лица не только казенных, но и бюджетных и автономных учреждений.