Согласно постановлению Правительства России от 18 декабря 2024 г. № 1817 из программы исключены правила предоставления субсидий для региональных инициатив, направленных на реализацию федеральных проектов «Оздоровление Волги» и «Сохранение уникальных водных объектов». Введены новые правила финансирования проектов, способствующих достижению целей федеральной программы «Вода России». Также уточнены условия софинансирования региональных программ, связанных с использованием и охраной водных ресурсов. Дополнительные средства будут выделены на разработку проектной документации для новых регионов.
