Согласно письму ФНС России от 29 марта 2024 г. № СД-4-23/3609@ участники СЗПК обязаны пройти налоговый мониторинг. При этом пороговые критерии для его проведения для них отменены. Особенность налогового мониторинга для участников СЗПК заключается в том, что налоговый орган проверяет не только правильность расчета налогов, но и фактические затраты. Для этого участник СЗПК должен предоставить доступ к соответствующим документам в течение первого года налогового мониторинга. Если обнаруживаются искажения размеров фактических затрат, налоговый орган составляет мотивированное мнение по этому вопросу.

В связи с этим разработаны новые формы и форматы заявления о предоставлении заключения и самого заключения о выявленных или не выявленных при проведении налогового контроля фактах искажения размеров фактически понесенных затрат, а также о наличии или отсутствии невыполненных мотивированных мнений. В заявлении указывается информация об объектах, по которым запрашивается заключение за период налогового мониторинга.

Для участников СЗПК также действуют отдельные правила в налоговом мониторинге при досрочном прекращении или отказе от проведения налогового мониторинга. При отказе орган исполнительной власти расторгнет соглашение с организацией в одностороннем внесудебном порядке.