Недавно в БК РФ были внесены изменения, которые позволяют бюджетным и автономным учреждениям получать субсидии на различные цели, включая возмещение затрат и недополученных доходов, связанных с производством и реализацией товаров, выполнением работ и оказанием услуг.

1. Перевод средств целевой субсидии с отдельного лицевого счета на «основной» или, в случае автономных учреждений, на банковский счет не меняет «характер» средств с точки зрения Налогового кодекса – это по-прежнему средства целевого финансирования. Положение Кодекса, исключающее субсидии, предоставляемые бюджетным и автономным учреждениям, из облагаемых налогом на прибыль доходов, не содержит исключений для субсидий на иные цели. Нормы, определяющие правила признания в доходах средств полученных субсидий, включая компенсацию ранее понесенных расходов, не применяются к средствам целевого финансирования, включая субсидии бюджетным и автономным учреждениям.

2. Особенности налогообложения НДС при получении субсидии зависят от ее назначения. В большинстве случаев изменения в учете не потребуются. Вопрос о восстановлении вычетов НДС возникает только в случае, если учреждение получает субсидию на возмещение ранее понесенных затрат на приобретение товаров (работ, услуг) за счет средств от приносящей доход деятельности. Если сумма НДС включена в расчет субсидии на возмещение затрат по конкретным товарам (работам, услугам), то принятый к вычету налог необходимо восстановить в период получения субсидии. При этом суммы налога следует восстановить в размере, ранее принятом к вычету, если субсидия компенсирует всю стоимость приобретенных товаров (работ, услуг), или в определенной доле, если расходы возмещаются частично.