В письме Минфина России от 03.09.2021 № 03-07-11/71588 закреплена позиция как самого ведомства, так и судебных органов о том, что субсидия на выполнение задания включается в общую сумму выручки от реализации для определения доли облагаемых / не облагаемых налогом операций и, соответственно, суммы НДС, подлежащего вычету либо включению в стоимость приобретенных товаров, работ, услуг. Как мы знаем, налоговое законодательство не устанавливает особенности определения пропорции при выполнении работ / оказании услуг, источником финансового обеспечения которых является субсидия на выполнение задания. В этой связи учреждению следует самостоятельно в своей учетной политике установить, в каком объеме включать сумму субсидии на выполнение задания в расчет пропорции за налоговый период – квартал. Минфином предлагаются два варианта:

Само по себе отсутствие раздельного учета лишает учреждение права не только принять к вычету суммы «входного» НДС, но и признать эти суммы в расходах в целях налогообложения прибыли.