В ходе проверки законности и эффективности использования субсидии, выделенной на выполнение определенного задания, КСП обнаружила факты нецелевого использования средств при расчетах с сотрудниками. Было установлено, что учреждение выплачивало заработную плату внешнему совместителю в период, когда он был занят на основном месте работы и, следовательно, не мог выполнять свои обязанности по совместительству. Кроме того, некоторым работникам были начислены надбавки за интенсивность и высокие результаты работы с нарушением установленных правил. Проверяющие указали, что выплаты, произведенные с нарушением отраслевой системы оплаты труда и локального положения об оплате труда, не могут быть отнесены на КВР 111 «Фонд оплаты труда учреждений», так как они осуществлены в нарушение трудового законодательства. КСП потребовала возврата суммы нецелевых расходов в бюджет.

Учреждение обратилось в суд, считая, что КСП не имеет права фиксировать нарушения трудового законодательства и вмешиваться в оперативно-хозяйственную деятельность, включая вопросы трудоустройства и начисления заработной платы.

Первая судебная инстанция поддержала учреждение, указав, что контрольный орган превысил свои полномочия, поскольку выявленные нарушения не относятся к нарушениям бюджетного законодательства.

Однако Второй арбитражный апелляционный суд, согласно постановлению от 14 марта 2025 г. № 02АП-91/25 по делу № А29-9792/2024, пришел к противоположному выводу. КСП действительно не вправе требовать устранения нарушений, не связанных с бюджетными правоотношениями. Но в данном случае учреждению вменяется не просто несоблюдение трудового законодательства, а нарушение бюджетных норм, вытекающее из этого несоблюдения, а именно нецелевое использование субсидии. Таким образом, КСП не выходит за рамки своей компетенции, требуя от учреждения устранения нарушений именно бюджетного, а не трудового законодательства.