Заполнение табеля учета рабочего времени в описанной Вами ситуации будет зависеть от того, каким образом будет оформлено отсутствие работника на рабочем месте по совместительству в период его нахождения в командировке по основному месту работы. Если на работе по совместительству период отсутствия работника будет оформлен как отпуск без сохранения заработной платы, то в табеле учета рабочего времени необходимо будет поставить буквенный код ДО (цифровой код - 16).

Правовое обоснование:

Согласно ч. 4 ст. 91 ТК РФ работодатель обязан вести учет времени, фактически отработанного каждым работником.

В соответствии с ч. 1 ст. 128 ТК РФ по семейным обстоятельствам и другим уважительным причинам работнику по его письменному заявлению может быть предоставлен отпуск без сохранения заработной платы, продолжительность которого определяется по соглашению между работником и работодателем.

Информационный портал Роструда «Онлайнинспекция.РФ», март 2019 г.