В соответствии с п. 9.1 ст. 88 НК РФ при подаче уточненной декларации проверка ранее поданной декларации и все действия налогового органа в отношении нее прекращаются и начинается новая камеральная налоговая проверка на основе уточненной налоговой декларации.

Таким образом, представление уточненной декларации лишает первоначально поданные декларации юридической силы (постановление ФАС Центрального округа от 26.04.2012 № Ф10-914/12).

Налоговым кодексом не предусмотрены обстоятельства, исключающие привлечение налогоплательщика к налоговой ответственности на основании ст. 119 НК РФ за несвоевременное представление первичной налоговой декларации в случае, если до окончания камеральной налоговой проверки им представлена уточненная налоговая декларация.

При этом сам факт подачи уточненной налоговой декларации после установленного НК РФ срока для подачи декларации налоговым правонарушением не является.

За непредставление налоговой декларации в установленный НК РФ срок ст. 119 НК РФ установлена ответственность в виде штрафа, сумма которого определяется исходя из суммы налога, подлежащего уплате, и количества дней непредставления налоговой декларации.

Следовательно, количество дней непредставления налоговой декларации в данном случае рассчитывается со дня, следующего за днем окончания срока ее представления, до момента представления изначально поданной налоговой декларации, так как именно ее несвоевременное представление является налоговым правонарушением.

При этом если в просроченной первичной декларации сумма налога, подлежащая уплате в бюджет, была указана неверно, то расчет штрафа в этом случае будет производиться исходя из «правильной» суммы налога, то есть суммы налога, в действительности подлежащей уплате в бюджет, а не ошибочно указанной налогоплательщиком (постановления Президиума ВАС РФ от 15.11.2011 № 7265/11, от 15.05.2007 № 543/07, письмо ФНС России от 01.04.2009 № ШС-22-7/240@).

И, как свидетельствует арбитражная практика, данное правило распространяется и на случаи представления уточненной декларации на уменьшение налога. При этом судьи указывают, что штраф, определяемый на основании положений ст. 119 НК РФ, подлежит взысканию исходя из размера действительной обязанности налогоплательщика перед бюджетом по уплате налога, а не из указанной им в декларации ошибочной суммы (постановление ФАС Северо-Западного округа от 21.02.2011 № Ф07-141/2011).

Соответственно, и сумма штрафных санкций будет рассчитана из суммы налога, указанной в уточненной декларации.

В рассматриваемом случае речь идет о Расчете по форме 6-НДФЛ, поэтому на размер штрафа не влияет сумма налога. Однако ст. 119 НК РФ содержит и минимальный размер штрафа – 1000 руб. за каждый полный или неполный месяц со дня установленного срока для представления Расчета.

Следовательно, налоговый орган в полной мере может привлечь налогового агента к ответственности в размере 20 000 руб.